Kótaj község eredeti neve Keresztút volt, a 14. századi okmányokon ezen a néven szerepel.
A név földrajzi helyzetére utal. Itt keresztezte a középkorban az Alföldről a Vereckei-hágó felé, és a Szamos völgyéből Tokajon keresztül Lengyelország felé vezető két útvonal egymást. A 19. század első felében az anyakönyvek tanúsága szerint hol Keresztút, hol Kótaj a település neve. A Bécsben 1804-ben megjelent részletes térképen még Keresztút néven szerepel. Biztos történeti támpont nincs arra, mikor és miért változott meg a neve. Az 1990-es években került arra sor, hogy a községnek címert válasszanak. Ez a címer pajzs alakú, ezüst pólyával középen osztott. Színe vörös és kék. A címermezőkben lebegő szarvas alakja, napraforgó, vízre utaló három ezüst hullámsor, melyből szökőkút emelkedik ki, és búzakalászcsokor. A címeres pajzson páncélsisak található, fölötte lebegő korona. A zászló napsárga, aranyszínnel rojtozott. A zászló közepén a község címere helyezkedik el. Az a terület, ahol a mai Kótaj található, már a honfoglalás előtti időkben is lakott volt.
A honfoglaló magyarok hamar benépesítették ezt a területet. A Rétköz peremén haladó hadiút védelmére épült Szabolcs vára. Az Árpád-házi királyok idején királyi birtok volt a környék, első eladományozására csak 1317-ben került sor. Ekkor kapta Károly Róbert királyunktól a Pech család. A falu első okleveles említése 1383-ból származik. A 16. század első felében a településen mindössze 20 adófizető porta volt található, ami hasonló a környező falvakéhoz. Valószínűleg a parasztháború és a mohácsi csatát követő belső háború csökkentette le a lakosok számát. Az ország három részre szakadása után megnőtt Tokaj mint tiszai átkelőhely szerepe. A hadseregek mozgása több esetben Keresztutat is érintette. A törökök 1554-ben és 1567-ben felégették a falut, ezért a királytól minden fizetési kötelezettség alóli mentességet kaptak lakói. A kállói vár 1573-as befejezése utána a török portyázás visszaszorult, de a 15 éves háború idején ismét pusztítottak a vidéken.
A falu földesurai, az Ibrányiak az Erdélyi Fejedelemséget támogatták, részt vettek a 17. századi szabadságmozgalmakban is. Bocskai István aranykorában, Bethlen Gábor és I. Rákóczi György fejedelemsége idején Keresztút újból fejlődésnek indult. A falu a 19. század elején kezdett benépesedni, de lakossága ekkor rohamosan gyarapodott. Kótaj jelenleg 26 km2 területen terül el. Lakosságszáma 2020. január 1-én 4606 fő. Legnagyobb foglalkoztató a településen az önkormányzat. Állandó foglalkoztatott 45 fő, a közhasznú dolgozók évi átlaga kb. 20 fő. Az általános iskola és az óvoda a Baptista Szeretetszolgálat Egyházi Jogi Személy fenntartásában működik 2013. óta. Az idősek napköziotthonában hétköznap 25 időskorú ember tölti kulturáltan az idejét.
A településen működik a református egyház által fenntartott idősek ápoló-gondozó otthona, amely nem csak kótaji idős embereket fogad.
A településen folynak keresztül azok a csatornák, melyek hol táplálják, hol levezetik a Tisza vizét, áradáskor sokszor jelentenek a vízügyi szakemberek számára problémát.
A faluban a római katolikus, a görög katolikus, valamint a református egyház hívei gyakorolhatják hitüket a saját templomuk falai között.
Évről-évre egyre több lakosa van Kótajnak, köszönhetően Nyíregyháza közelségének és a jól kiépített infrastrukturális beruházásoknak. Nem utolsó szempont immár az autópálya közelsége sem a lakóhely változtatása során.
